Il s’agit d’une discipline médicale hautement spécialisée permettant :
- D’affirmer avec certitude le diagnostic de nombreuses maladies : ceci est particulièrement utile dans le domaine du cancer, mais également dans de nombreuses maladies inflammatoires.
- De dépister le cancer à un stade précoce ou avant-même sa survenue (lésions pré-cancéreuses).
- D’effectuer le diagnostic de certitude de la maladie. La preuve microscopique est indispensable pour l’instauration d’un traitement.
- D'affirmer le caractère complet de l'ablation d'une tumeur, en examinant ses bords (soit ses limites d'exérèse) : pour être sûr d'avoir enlevé toute la tumeur, le chirurgien fait vérifier par l'anatomo-pathologiste que les limites de résection ne contiennent pas de cellules tumorales. Ce type d’exploration s’effectue souvent en temps réel, lors de l’intervention chirurgicale. Le médecin pathologiste présent au bloc opératoire guide alors le geste du chirurgien en précisant le type d’intervention ou les extensions d’exérèse nécessaires.
- De préciser les éléments pronostiques de la maladie comme la taille exacte, les rapports avec les organes voisins, le grade, le stade, le type histologique précis, la présence de métastases ganglionnaires…mais aussi des facteurs plus spécifiques comme des marqueurs en immunohistochie ou biologie moléculaire.